農村商業銀行和農村信用合作聯社雖然都屬于農村金融體系的一部分，但它們在本質上存在顯著差異。首先，從單位性質來看，農村商業銀行是股份制商業銀行，以市場化運營為主，而農村信用社則是農村合作金融機構，強調社區服務和社員共同所有制。

在入股對象上，農村商業銀行的股東包括但不限于當地農民、工商戶、企業法人和經濟組織，體現了更廣泛的經濟參與；而農村信用社的股東僅限于社員，強調了社區成員的共同利益。設立條件上，農村商業銀行要求注冊資本金至少5000萬元人民幣，資本充足率需達到8%，且對設立前的資產規模、不良貸款比例等有嚴格規定；相比之下，農村信用社的注冊資本門檻較低，為500萬元人民幣，但具體要求根據地方規定有所不同。

農村商業銀行設立的要求更為嚴格，除了上述條件，還包括有符合規定的章程、發起人數量、高級管理人員的專業背景、組織機構健全、設施完備以及符合中國銀行業監督管理委員會的其他條件。總的來說，兩者在法律地位、經營方式和設立條件上存在顯著區別，各自服務于不同類型的農村金融市場參與者。