魚的內部結構詳盡而獨特，主要包括骨骼、肌肉和呼吸、排泄及生殖器官。骨骼分為內外兩部分，外骨骼保護著鱗片、鰭條和棘刺，內骨骼則包括頭骨、脊柱和附肢骨骼。頭骨由腦顱和咽顱組成，腦顱保護腦，咽顱則支撐著頜、舌和鰓。脊柱由體椎和尾椎構成，特征性地具有雙凹椎體。附肢骨骼按支持的鰭分類，偶鰭和奇鰭骨骼各有特點。

肌肉部分，魚類的軀干和尾部由肌節構成，形成分節現象，軸上肌和軸下肌負責不同部位的運動。呼吸器官是魚類的重要組成部分，硬骨魚類的鰓片位于兩側，由鰓弓、鰓片和鰓耙組成，進行氣體交換。排泄器官主要由腎臟負責，位于腹腔背部，同時鰓也有排泄功能，排除氨、尿素等物質。

魚類的生殖系統以鯉魚為例，雄性擁有位于腹腔兩側的精巢，雌性則有一對卵巢。性產物在體外受精，精巢和卵巢通過輸精管和輸卵管與外部環境相連。魚類的這些內部結構不僅支持其生活，還決定了它們獨特的行為和適應環境的方式。