醫保卡的余額是否會清零，根據《深圳市社會醫療保險辦法》的規定，答案是不會。該辦法詳細說明了參保人的權益。從2013年起實施的《深圳市社會醫療保險辦法》（深府令第256號）第四十五條規定，參保人在辦理參保手續并繳交保險費次月1日起，就能享受醫療保險待遇。每月20日前申報參保的，按當月計；20日后則按次月計。這意味著，只要持續繳納，醫保余額就不會因時間關系而清零。

該辦法明確了社會醫療保險的多層次和多形式，包括政府設立的基本醫療保險和地方補充醫療保險，以及一檔、二檔、三檔的不同繳費形式。所有用人單位、職工及個人都應按照規定參加。同時，深圳的醫保制度遵循廣覆蓋、保基本等原則，保障水平與社會生產力發展水平相適應。

市社會保險行政部門負責醫保管理工作，而市社會保險機構則具體執行。市政府相關部門在各自職責范圍內也會參與相關工作。因此，對于醫保卡余額，只要持續參保和繳費，余額就不會清零，為參保人的醫療保障提供連續性。