農產品質量檢驗合格證的辦理工作主要由當地的質監局負責。具體流程如下：

首先，企業需準備以下材料向質監局提交：

1.營業執照原件及復印件；

2.詳細的產品標準；

3.企業質量管理手冊。

接下來，申請步驟包括：

1.企業需提出申請，并領取相關的申請表格；

2.質量監督行政部門會審核企業提交的所有材料；

3.在材料審核通過后，會抽取樣品，由法定的質檢機構進行專業檢驗；

4.最后，局領導會對檢驗結果進行審批。

整個過程的承諾時限為：自接到申請之日起五個工作日內完成材料審核；審核后的五個工作日內完成抽樣送檢；收到檢驗報告后，十個工作日內完成發證工作。

質監局的主要職能涉及產品質量監督、標準化管理、計量管理、特種設備安全監察、棉花質量監管等多個領域，他們負責執行相關法律法規，推廣質量管理方法，處理質量糾紛，以及對食品生產加工環節的安全監管等。因此，對于農產品質量檢驗合格證的辦理，企業應直接與當地質監局進行聯系和操作。