工程預付款的扣回方式多種多樣，主要分為備料款扣還、公式計算扣款、合同規定扣款以及最后一次性扣款。首先，備料款是預付款的一種，施工后期材料需求減少時，會通過抵扣工程價款的方式逐漸回收。起扣時間和比例應在施工合同中明確，通常以未完工程所需材料價值等于預付備料款為起扣點，每次結算按材料比例扣減。

公式計算方法是根據工程剩余工作所需的主材價值等于預付備料款的條件進行。例如，合同價300萬元，主材占62.5%，預付25%的備料款75萬元。當工程累計結算達到180萬元時，開始抵扣。如果規定工程進度達到60%開始扣款，那么每完成10%進度，扣回預付金額的25%。

對于簡單工程，可能在工程完成前一次性扣回備料款。預付款的額度通常不超過合同金額的30%，主要用于施工初期的材料采購和設備購置等。

預付款的發放和扣回需要遵循合同條款，承包商需提供預付款保函后才能申請支付，發包人在核實后按約定時間支付。預付款是施工初期資金流動的關鍵，通常被稱為預付備料款。

工程預付款的扣回點可以通過公式T=P-M/N計算，其中P為合同總額，M為預付款，N為主材占比。總的來說，工程預付款的扣回與合同條款緊密相關，需確保在工程進展和資金管理中合理運用。