當公司不選擇注銷也不進行年檢操作時，將面臨一系列嚴重的后果。首先，營業執照可能被吊銷，企業法人因此被列入黑名單，喪失法人資格，信用評級、貸款申請、出行等日常活動都將受到嚴重影響。尤其在稅務方面，長期零申報會直接導致企業進入稅務局的黑名單。

創業初期，許多公司可能因為收入較少而暫時零申報，但若超過法定期限，如連續三個月或累計六個月，稅務部門會開始調查。如果無法聯系到企業，公司將被標記為“非正常戶”，進一步升級為黑名單，可能伴隨行政處罰。對于曾經有經營但停止運營且不申報的公司，稅務黑名單和行政處罰更是不可避免。

如果公司長期不運營，營業執照會被工商部門吊銷，法律規定，公司成立后無正當理由超過六個月未開業或自行停業超過六個月，將面臨營業執照吊銷。同時，即使執照被吊銷，公司仍需處理未繳的稅費和滯納金，否則將面臨額外的處罰。此外，法定代表人和股東也會受到牽連，可能在3年內無法擔任其他企業高級管理人員，且信用記錄受損，影響出入境和貸款申請。

公司注銷并非簡單的過程，需要經歷清算、登記等多個步驟，包括注銷社保、稅務、報紙公示、工商備案、銀行賬戶、許可證以及注銷公司印章等。無論是主動或被動被撤銷或吊銷，公司都必須遵守法律程序，進行清算和注銷，以避免更嚴重的法律后果。