南通大學是一座擁有多個校區的綜合性大學，分布在南通市的不同區域。學校主要分為啟秀校區、鐘秀校區、文峰校區和新校區四部分。新校區集中了文學院、理學院、商學院、外國語學院、化學化工學院、機械工程學院、電子信息學院、電氣工程學院、計算機科學與技術學院、建筑工程學院、紡織服裝學院和地理科學學院等。鐘秀校區則設有教育科學學院、生命科學學院、體育科學學院、地理科學學院以及藝術學院和杏林學院。文峰校區則包括公共衛生學院、理學院、法政與管理學院，以及地理科學學院。啟秀校區主要承擔護理學院和醫學院的教學任務。

啟秀校區位于崇川區啟秀路19號，主校區設在嗇園路9號。鐘秀校區位于外環東路999號，而文峰校區則坐落在青年東路92號。這些校區不僅提供了豐富的教育資源，也使得南通大學的學生可以享受到分布在不同環境和設施中的學習體驗。

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