結論：科員在新單位滿兩年后，理論上具備晉升副科級的資格，但實際晉升并非僅憑年限。晉升副科級需要考慮多個因素，包括但不限于個人的辦事能力、單位內部空缺職位、學歷要求以及地方的具體政策。以下是晉升職務的一些具體規定：

1.公務員晉升需滿足思想政治素質、工作能力、文化程度和任職經歷的要求，年度考核結果至少為稱職以上。

2.晉升鄉科級領導職務，如正職需擔任副職兩年以上，副職則需擔任科員級三年以上，且需身體健康。

3.綜合管理類非領導職務的晉升，對任職年限有明確規定，如晉升科員需任辦事員三年以上。

4.晉升遵循逐級晉升原則，特殊情況如特別優秀或工作特殊需要可破格或越級，但具體條件和程序另作規定。

5.晉升領導職務需經過民主推薦、考察、集體討論決定和任職手續等程序，非領導職務晉升參照類似程序。

6.領導職務空缺可通過內部競爭上崗或社會公開選拔產生任職人選，同時實行任前公示和任職試用期制度。

因此，盡管調動單位后的科員有晉升可能，但實際晉升還需符合一系列嚴格條件，且需要結合具體情況評估。