連鎖店與加盟店之間存在著顯著的區別。首先，從產權角度看，加盟連鎖（特許連鎖）是獨立主體之間的合作關系，每個加盟店擁有獨立資本，與總部沒有資產關聯，而直營連鎖則是同一資本所有，總部直接運營所有分店。特許經營讓總部能以較少資金擴大市場，而直營連鎖發展受限于資金和人力資源。

在法律關系上，加盟連鎖基于特許經營合同，雙方明確權利義務，而直營連鎖則通過內部管理制度調整。管理方式上，加盟連鎖中，總部主要通過特許經營權轉讓，對加盟店的運營干涉有限，而直營連鎖中，總部對分店擁有所有權，對經營決策有絕對控制權。

經營領域上，直營連鎖主要集中在商業和服務業，而加盟連鎖涉及范圍更廣泛，包括制造業、信息產業等。簡單來說，自營連鎖是由單一法人進行統一運營，而加盟連鎖則是商標持有者授權他人使用品牌，分店獨立經營，自負盈虧。

總的來說，連鎖店包括加盟店，后者是總部通過許可模式讓他人開設的分店，每個分店獨立運營，而總部則提供品牌支持和指導，形成一種合作共贏的模式。而直營連鎖則強調統一管理和控制，所有分店都直接歸屬于總部。