全國醫師定期考核分為簡易程序和一般程序，兩種程序在流程和業務水平測評標準上有所不同。首先，簡易程序流程相對簡化，主要由醫師本人撰寫述職報告，經主要執業結構簽署意見后直接上報考核機構進行審核。而一般程序則需要醫師登錄系統填寫詳細信息，由醫療機構進行工作成績和職業道德評定，然后上報給考核機構。考核機構會復核意見、公布測評名單，進行業務水平測評，最終在系統中錄入結果。合格者會收到電子通知，還需經衛生計生行政部門蓋章后生效；不合格者可能面臨暫停執業活動的處罰，之后有培訓再考的機會。

區別在于，簡易程序人員無需參加業務水平測試，而一般程序則要求參與。考核方式多樣，包括個人述職、法律法規和專業知識考核、技術操作考核、醫學文書檢查，以及患者評價和同行評議，部分地區可能還有其他形式。總的來說，簡易程序針對流程簡化的醫生，而一般程序則適用于所有需要全面考核的醫師。