當法院需要對被執行人進行強制執行時，即便其銀行賬戶內的金額不足，法律也允許采取凍結措施。根據《中華人民共和國民事訴訟法》的規定，第一百零三條明確指出，法院可以采取查封、扣押、凍結等手段保全財產，同時通知財產所有人。對于已被凍結的財產，不得重復凍結。

第二百四十二條進一步規定，如果被執行人未能履行法律文書所確定的義務，法院有權查詢其存款、債券、股票等財產。必要時，可以扣押、凍結、劃撥或變價被執行人的財產，但必須在被執行人應履行義務的范圍內進行。

執行過程中，法院會通過裁定并發出協助執行通知書，要求相關單位配合操作。對于已凍結的財產，其他法院可以進行輪候查封、扣押、凍結，一旦原查封解除，輪候措施自動生效。其他法院在執行輪候凍結時，需要通知登記機關并得到原法院的允許，或書面通知原法院進行記錄。

總的來說，即使被執行人銀行賬戶金額不足，法院仍然有權根據法律規定采取凍結措施，以確保執行的順利進行。這是法律為了保障債權人的權益，確保判決得到有效執行的必要手段。