事業單位合同制工人與企業合同制工人的主要區別在于工資和福利待遇以及用工方式。事業單位合同制工人通常依據檔案工資領取薪酬，其福利待遇則遵循國家規定的標準；相反，企業合同制工人的工資更為靈活，由企業自行決定，檔案工資僅在退休時發揮作用。企業合同工的招聘通常遵循國家勞動工資計劃，實行公開招收、自愿報名、全面考核并擇優錄用的原則，屬于常年性工作崗位上的勞動合同制。

在合同形式上，企業、事業單位短期性工人的合同通常詳細規定時限、任務和雙方義務。自1986年中國用工制度改革后，所有新招用的工人一般都被視為合同工。合同工與固定工享有同等的權利，包括勞動權益、工作機會、民主參與和榮譽物質激勵等，而這些權利主要通過勞動合同來保障。

與之相對的是，事業單位的聘用制和人事代理制。聘用制是通過合同確定人事關系的制度，員工的身份屬性取決于與單位簽訂的聘用合同。而人事代理制則是人才服務機構代理人事管理與使用，雇主與被聘用人員僅受合同約束，與合同制工人的直接合同關系不同。