農業銀行的銀行卡在余額不足時，不會自動扣費導致賬戶被取消。如果賬戶長期未使用，且余額為零，且沒有開通其他服務如網上銀行，通常在兩年后會進入休眠狀態，這時卡片將無法使用。此時，用戶需要到柜臺激活，若在三年內未處理，銀行會自動注銷卡片，但前提是需要先支付之前欠的費用。如果卡內有余額，是不會被注銷的，僅需關閉相關服務后方可注銷。

每年農行卡會收取10元的年費，兩年下來大約是44元。在丟棄卡片前，建議將其剪碎以保護個人信息安全。值得注意的是，即使不繳納年費，不會對個人征信產生影響，但銀行會要求在注銷前補繳欠費。關于年費的政策，自2017年起，部分基礎服務收費已被暫停，根據《商業銀行服務價格管理辦法》和《商業銀行服務政府指導價政府定價目錄的通知》，客戶可以申請一個免費賬戶，避免年費和管理費的收取。

總之，農業銀行的銀行卡在余額不足時不會扣費，但在長期未使用且未處理的情況下，可能需要額外費用或操作來維持賬戶的正常使用。記得妥善管理個人信息，遵循相關規定以避免不必要的費用。