北京協和醫學院和清華大學北京協和醫學院并非同一所學校，而是緊密合作的關系。協和醫學院擁有獨立的本科基礎課程體系，在專業課程上則由協和負責，學生的畢業證書上同時蓋有清華大學和北京協和醫學院的章。雖然協和醫學院并非985、211高校，但由于與清華大學的緊密合作，其畢業生在社會上通常被視為享有985高校的聲譽。

在醫學領域，北京協和醫學院的聲譽可能超過一些頂級大學的醫學院，反映出其專業的優勢。清華大學醫學院則是清華大學獨立設立的一個學院，目前發展相對較弱。當初，清華大學曾試圖與協和醫學院合并，但未能實現，于是雙方選擇了合作辦學。從資源共享和品牌影響力來看，北京協和醫學院—清華大學醫學部無疑更受認可。

值得注意的是，自2007年起，中國協和醫科大學正式更名為北京協和醫學院，并與清華大學醫學部保持緊密合作，雖然名義上是兩個機構，但實際上是清華大學的一部分，共同參與了“211”和“985”工程建設項目。因此，學生在選擇時應明確，他們是通過北京協和醫學院這個獨立法人單位，同時享受清華大學的資源和聲譽的。