自2004年起，國家通過一系列政策明確了土地出讓收入中的專項基金和專項資金分配。主要包括國有土地收益基金、農業土地開發資金、農田水利建設資金、教育資金、保障性安居工程資金和新增建設用地土地有償使用費，這些資金的提取旨在支持特定領域的發展。

對于結余結轉的資金管理，上級專項轉移支付超過兩年未分配到部門或下級政府的，需交回上級財政統籌；未滿兩年的，則允許同級財政調整用于同類項目。已分配到部門并結余結轉超過兩年的土地出讓收支資金，同級財政會將其收回并統一使用。

使用這些專項基金和專項資金時，必須遵循國辦發〔2006〕100號文件和財綜〔2006〕68號文件的規定，首要保障征地拆遷補償、農民社會保障等核心支出，合理安排土地開發費用，繼續重視農業農村和保障性住房建設。同時，嚴禁將土地出讓收入用于非規定用途，如修建公共設施、購置車輛、發放福利或彌補行政開支，更不能用于產業投資基金或對外投資。