在進行同一控制下企業控股合并時，恢復子公司留存收益（盈余公積、未分配利潤和專項儲備）以及綜合收益性質的資本公積至關重要。這是因為在權益結合法的編制原則下，合并報表旨在體現子公司在合并前各年度盈利的連續性，將其納入合并范圍以調整合并利潤表的歷史數據。合并后的公司實質上是原子公司歷史的延續，其留存收益應完整體現，而不受合并方資本公積余額的限制。

恢復子公司留存收益的理論依據在于，被合并企業在合并前已被視為合并方的組成部分，其盈利能力應當連續計算。這樣做的目的是確保合并報表的準確性和完整性，真實反映集團的整體盈利能力。具體操作上，首先將被合并方的利潤表合并，全額恢復留存收益和資本公積，如果資本公積出現負數，會通過未分配利潤進行內部調整，以確保資本結構的平衡。

總的來說，恢復子公司留存收益是對合并歷史的尊重，也是對合并后企業財務狀況全面反映的必要步驟。這有助于投資者和利益相關者更好地理解集團的財務狀況和經營績效。