公開招標(biāo)兩次流標(biāo)后，甲方并不能直接指定中標(biāo)人，除非經(jīng)過特定的法律程序。依據(jù)《政府采購非招標(biāo)采購方式管理辦法》，當(dāng)公開招標(biāo)兩次未能成功時(shí)，采購方可以申請(qǐng)采用非招標(biāo)方式進(jìn)行采購，但前提是需要在項(xiàng)目開始前獲得主管預(yù)算單位的同意，并向設(shè)區(qū)的市或自治州以上人民政府財(cái)政部門報(bào)批。

在申請(qǐng)過程中，采購方需要提交項(xiàng)目基本情況、預(yù)算金額及相關(guān)文件、擬采用的非招標(biāo)方式及其理由等詳細(xì)材料，以證明其合理性。采購活動(dòng)需嚴(yán)格遵循政府采購法和該辦法的規(guī)定，保證評(píng)審過程的公正與保密，避免任何非法干預(yù)。

值得注意的是，對(duì)于達(dá)到公開招標(biāo)數(shù)額標(biāo)準(zhǔn)的項(xiàng)目，競(jìng)爭(zhēng)性談判小組或詢價(jià)小組需由采購人代表和評(píng)審專家組成，其中評(píng)審專家比例需占到2/3以上。若項(xiàng)目技術(shù)復(fù)雜，可以經(jīng)預(yù)算單位同意，自行選定評(píng)審專家，但必須包含法律專家以確保法律合規(guī)。

總的來說，甲方在公開招標(biāo)兩次流標(biāo)后轉(zhuǎn)向非招標(biāo)采購，需要遵循相關(guān)法規(guī)并履行必要的審批程序，確保采購過程的合法性。