在工作時間相同且月工資相同的條件下，員工的住房公積金總額差異主要源于繳存比例的不一致。住房公積金的計算基于職工上一年度的月平均工資，乘以個人和單位各自的繳存比例。例如，甲員工公積金繳存1800元，乙員工繳存2000元，這反映出他們各自的繳存比例可能不同。

住房公積金和社保雖然都是為員工福利，但計算基數(shù)不同。住房公積金的基數(shù)取決于員工的工資，而社保的基數(shù)可能受到其他因素的影響，如最低工資標(biāo)準(zhǔn)或政策調(diào)整。單位為員工繳納的公積金金額同樣受繳存比例影響，而社保繳納比例可能會隨著社保支出壓力增大而有所變動。

根據(jù)《住房公積金管理條例》的規(guī)定，新入職員工應(yīng)在30日內(nèi)辦理公積金繳存登記，而離職員工則需在勞動關(guān)系終止后30日內(nèi)進(jìn)行變更登記。月繳存額的具體計算公式是職工上一年度月平均工資乘以各自的繳存比例。

因此，即使月工資相同，住房公積金總額的差異是由繳存比例和計算規(guī)則共同決定的。這種差異反映了政策執(zhí)行中的靈活性，以及單位對福利待遇的不同安排。