應付職工薪酬的計稅基礎是指企業在稅務方面確認負債價值時，考慮未來可能抵扣稅款的部分。簡單來說，它是負債的賬面價值與未來可抵扣金額的差額。在這個過程中，應付職工薪酬通常在確認成本費用時已經計入，意味著未來的稅收優惠不再適用，因此，對于4000萬的應付職工薪酬，計稅基礎就是其賬面價值，即4000萬，因為未來可抵扣的金額為零，所以不會產生暫時性差異。

這里的重點在于，應付職工薪酬的計稅基礎并不是簡單地與賬面價值相等，而是考慮了其稅法上的處理。例如，如果3000萬已經被允許在當前稅前抵扣，而剩余的1000萬由于某些原因無法抵扣，那么計稅基礎就會等于賬面價值，即4000萬，因為沒有未來可抵扣的部分。

在企業實務中，應付職工薪酬的處理涉及多個科目，如借記應付職工薪酬，支付工資、獎金等，同時可能涉及貸記“銀行存款”、“庫存現金”等。當涉及扣還職工個人款項、支付福利費、工會經費、社會保險費和住房公積金，以及因解雇職工的補償時，相應的會計科目也會相應調整。所有這些操作都是為了準確反映企業在稅收上的義務。

以上是對應付職工薪酬計稅基礎的簡要解釋，實際操作中需根據稅法規定進行詳細的會計處理和稅務規劃。