直接控股與間接控股主要的區別在于所有權和控制權的分配方式。首先，從性質上區分，直接控股意味著企業最大股東直接擁有50%以上的股份，擁有公司的決定權，而間接控股則是通過控股母公司這一中介結構，母公司持有子公司超過50%的股份，從而間接控制子公司。最終控股者通常是公司的實際掌控人，他們可能不直接持有股份，但對公司決策有最終的話語權。

在持股人身份上，直接控股和最終控股的股東身份一致，均為公司所有者，而間接控股則涉及兩個層次的股東，即母公司的股東和被控股子公司的股東。此外，間接控股可能通過復雜的層級結構，如父子孫結構或聯屬結構實現，如母公司通過子公司間接擁有乙公司56%的股權，盡管持股比例分散，但控制權集中在母公司手中。

總的來說，直接控股是最直接的控制形式，而間接控股則通過一系列的子公司和股份關系來實現對公司控制。理解這兩種控股方式的關鍵在于掌握其背后的股權結構和權力分配。