當遇到實習單位不愿簽署三方協議的情況時，首先要理解這是由于學校和實習單位之間對畢業生實習期的權責劃分。學校通常會優先考慮提高就業率，而實習單位可能出于責任考慮，對于短期實習并不愿承擔過多責任。

如果你的實習單位是由學校介紹的，可以嘗試與學校溝通，表達你的難處，看能否得到學校的理解和幫助。如果學校無法妥協，可能需要依靠個人人脈，尋找同學或家庭資源協助，蓋章完成協議。記住，這可能是較為無奈的選擇。

三方協議作為畢業生就業的重要文件，它明確了畢業生、學校和用人單位的權利義務，涉及戶籍、檔案、保險等關鍵問題。在簽訂時，應確保協議的有效性和合法性，特別是對于國有企業、事業單位，通常需要人事接收權；而民營企業和外資企業則可能需要額外的審批程序。

總的來說，妥善處理三方協議的簽署問題，需要畢業生對自身情況、學校政策和實習單位要求有清晰的認識，并在必要時尋求適當的支持和幫助。畢竟，這份協議是對大學生涯第一份工作的正式確認，因此務必謹慎對待。