在設計三層樓房的柱子尺寸和鋼筋配置時，需要考慮多種因素。根據給出的信息，如果柱子尺寸為400*400，采用12根16毫米直徑的二級鋼筋可能不足以滿足承載能力和側移剛度的需求。專家建議，考慮到結構的穩定性，柱子尺寸可以考慮提升到500x500，每邊配備四根16毫米的鋼筋，其中四角各一根，其他四邊每邊兩根。對于地震區的框架結構，由于高度限制，不宜過高，以免影響結構的側移剛度和抗變形能力。

在具體實踐中，如果柱距在6米以內且僅用于框架結構，400*400的柱子搭配8根16毫米的螺紋鋼筋和間距為200的箍筋可能已經足夠，但混凝土強度需達到C25以上。框架結構的特點是墻體不承重，僅作為圍護和分隔，靈活性高，但抗震性能相對較弱，特別是在強震條件下，房屋的水平位移較大。

總的來說，柱子尺寸和鋼筋配置應根據建筑設計的實際情況，綜合考慮結構安全和經濟性，以確保房屋的穩定性和使用需求。具體實施時，建議咨詢專業的結構工程師，以獲得更為精準的建議和方案。