在音頻編碼的世界里，APE和FLAC都是備受推崇的無損格式，但它們各有所長。APE以其早期的流行和在PC-HIFI群體中的青睞，憑借其無損音頻編碼贏得了許多用戶的喜愛。然而，它并非完美無缺：版權問題可能是個隱患，且在移動設備上的兼容性不如FLAC，特別是在MP3設備上。

相比之下，FLAC展現出了明顯的優勢。作為一種開源、免費的無損壓縮模式，FLAC能保持與CD相同的音質，且不會丟失任何音頻信息，避免版權糾紛。許多音頻處理軟件支持FLAC，方便后期處理。FLAC的解碼效率更高，對硬件要求較低，即使是普通設備也能實現快速的實時解碼和播放。此外，FLAC的流式處理能力強大，即使文件部分損壞，也能繼續播放，具有更強的容錯性。

盡管FLAC的編碼速度較慢，壓縮比相對較低，但考慮到現代硬盤的容量和性能，這點差距并不顯著。在音質方面，APE和FLAC都是無損壓縮，還原為WAV格式時音質相同，主要區別在于壓縮大小和文件格式。總的來說，對于長期音頻保存和穩定性要求較高的用戶，FLAC無疑是更好的選擇，尤其是在移動設備和硬件支持方面。