首先，對于已抵扣的存貨進項稅，根據存貨的適用稅率，需要計算出應補繳的稅款。這是因為存貨購入時的進項稅已減少當期應交稅金，注銷時這些稅額需要調整回繳。

其次，如果注銷同時取消了增值稅一般納稅人資格，處理存貨時需特別注意。分配給股東或投資者的存貨應視為銷售，這意味著需要確認銷項稅額。至于庫存商品，即使有已抵扣的進項稅，注銷時通常不需將其轉出。

在注銷清算過程中，存貨的處理方式多種多樣，如對外銷售或作為分配給股東的資產，這些情況下的增值稅銷項稅額都需要正確記錄。存貨的計價方法也影響著稅務處理，包括先進先出法、加權平均法、個別計價法和移動平均法，每種方法都有其適用場景和優點。

總的來說，公司注銷時存貨的稅務處理需要根據實際情況，準確計算相關稅款，確保稅務合規，同時合理運用不同的存貨計價方法進行賬務處理。請咨詢專業稅務顧問以獲取具體操作建議。