遇到二級建造師掛靠在原企業且不愿退還證件或配合轉出的情況，應首先嘗試通過合法途徑解決。可以向當地住建廳投訴，促使原單位履行轉出手續。若無果，可以考慮證書掛失并申請補辦，以此來保障自身權益。

關鍵在于合同性質，如果掛靠行為本身不被法律認可，合同無效，處理起來就復雜許多。如果是一份正常勞動合同或聘用合同，可以通過合法途徑終止，例如通過仲裁機構來迫使對方終止合同。終止后，按照合同終止條款辦理相關手續即可。

值得注意的是，二級建造師在行業內具有與一級建造師相似的重要地位。作為項目經理，一級建造師可以負責各類大型項目，而二級建造師則主要負責中型項目。在專業領域上，一級建造師可以涵蓋10個工程類別，二級建造師則限定在6個專業領域，如建筑工程、公路工程等。

總的來說，遇到掛靠問題，要明確自己的權利，采取適當的法律手段，維護自己的職業資格和權益。