哈爾濱工程大學的本科第二學歷是被國家認可的。按照國家的考試計劃，學生需參加省自考委組織的統一考試，所有成績合格者將獲得由省自考委頒發、主考院校副署的、教育部電子注冊的畢業證書。這個學歷不僅在高等教育學生信息網上有電子注冊，可供用人單位查詢，還允許考生參加研究生入學考試、公務員考試以及就業活動。

課程成績的構成十分嚴謹，網絡助學考核評價成績占總成績的30%，國家統一考試成績占40%，而課程實踐成績則占10%，這確保了學歷的權威性。此外，對于符合學位授予條件的本科畢業生，通過成人高等教育學位外語考試后，學校會授予相應的學士學位。

本科第二學歷的學習通常安排在業余時間，如雙休日或晚上，學制為兩年。即使學生在學期間未能完成所有課程，畢業后仍有機會繼續通過社會自學考試來完成學業。對于專科生，尤其是跨專業報考的考生，除了專業課程學習，還需通過額外的跨專業加試課程。

以上信息來源于哈爾濱工程大學的自學考試“本科第二學歷”招生簡章，表明該校的本科第二學歷教育是受到國家教育部門正式認可的。