在處理預付款和起扣點的計算時，應當考慮扣除暫定金額。這是基于以下幾個關鍵點：

首先，暫定金額和暫列金額在造價工程師教材《建設工程計價》中有明確說明，它們本質上是不確定的，不一定會在工程中實際發生。如果在計算時不扣除這些金額，可能導致預付款的扣回在工程結算完畢后無法實現，因為沒有明確的扣除目標。

以一個實例來說明，如果工程總金額為100萬，暫定（列）金額為50萬，預付款為50%。如果預付款不扣除暫定金額，起扣點會按照100萬減去25萬（預付款的50%）來計算，等于50萬。但如果暫定金額未發生或金額較少，那么預付款的扣回就失去了依據。

因此，為了確保預付款和起扣點計算的準確性，應當在計算基數中減去暫定金額，確保兩者計算的一致性。

此外，預付款起扣點的計算還涉及到合同約定的扣回方式，如分期抵扣或根據材料占比抵扣。起扣點的公式是：T=P-M/N，其中T是起扣點，M是預付款數額，N是主要材料及構件的占比，P則是合同總額。這個公式強調了暫定金額在起扣點計算中的必要性。