結論：對于運輸公司的運費賬務處理，根據不同情況有明確的規定。以下是具體做法：

1、若車輛為公司資產，司機是員工，運費作為公司的收入入賬，同時將司機的工資和途中的費用報銷視為公司的支出。司機的工資應計入工資費用，而其他費用報銷則計入管理費用中的勞務費科目。

2、如果車輛是掛靠經營，運費作為公司的主營業務收入，支付給司機的款項則作為承包經營的勞務費用。這種情況下，支付給司機的金額應在扣除相關費用扣除額后，根據20%的稅率計算個人所得稅，由公司代扣代繳。

3、若車輛由另一公司實體運營，運費作為該實體的業務收入，支付給司機的費用被視為聯運成本，同樣需要按照個人所得稅規定處理。

在進行賬務處理時，需要注意的是，支付給司機的勞務費不計入工資總額，只在規定的勞務費扣除標準內扣除，且不包括社會保險金和住房公積金。這些信息對于準確申報企業所得稅至關重要。

以上規定均基于會計制度、稅法和相關法規，務必遵循這些準則進行賬務操作。