結論是，員工工資確實是從凈利潤計算中扣除的。凈利潤，即企業的最終盈利，是通過減去各種成本、費用和稅項得出的。工資通常在每月結束時計入成本，這些成本隨后會轉到本年利潤科目，再進一步分配到利潤分配部分，這個過程意味著工資已從利潤總額中扣除。

凈利潤的計算公式包括營業收入減去營業成本、營業稅金及附加、銷售和管理等期間費用，以及其他可能的抵扣項，然后減去所得稅。因此，員工工資作為期間費用的一部分，自然會直接影響凈利潤的數額。

凈利潤增長率的計算，進一步強調了凈利潤對企業財務狀況的重要性。投資者依賴凈利潤來評估投資回報，管理者則用它作為決策依據。凈利潤不僅是衡量企業盈利能力的關鍵指標，也是評價企業經營績效和償債能力的工具。

總之，凈利潤是企業經營效果的直接反映，其高低直接影響企業的經營效益。因此，員工工資在凈利潤計算中的扣除，是企業財務報表中一個不可或缺的組成部分。