噸管理費用計算方法如下：1、基于物品或產品數量噸管理費用=物品或產品數量×噸管理費率例如，如果運輸商品的重量為1，000噸，噸管理費率為100元/噸，噸管理費用為100，000元。2、基于質量水平噸管理費用=質量水平費用×物品重量質量水平費用代表為確保物品達到某一質量水平所需的費用。例如，如果以質量水平費用為50元/噸保證1，000噸貨物的質量水平，則噸管理費用為50，000元。3、基于運輸距離噸管理費用=運輸距離費用×運輸距離運輸距離費用指運輸每一噸貨物需要支付的費用。例如，如果運輸距離費用為10元/公里，運輸距離為2，000公里，噸管理費用為20，000元。4、基于運輸方式對于不同的運輸方式（例如陸上運輸、海上運輸），噸管理費用的計算方法也有所不同。例如，陸地運輸中的噸管理費用可能包括駕駛員工資、燃料費用、車輛維護成本等。海運中的噸管理費用可能是基于船舶噸數的計算方法。