個人所得稅經營所得核轉查存在的問題如下。1、股東收入通過企業以報銷發票形式直接在各成本、費用賬戶中列支，比如通過差旅費報銷形式，報銷股東或企業高層管理人員個人行為的機票、住宿票，通過汽車油料費形式，報銷股東或其家屬成員的油料費、汽車修理費，通過餐票形式，報銷股東或其家屬成員個人行為的招待費，以逃避繳納個人所得稅。2、企業發放員工獎金通過報銷發票形式直接在各成本、費用賬戶中列支。比如通過差旅費報銷、餐票報銷、工會活動、文體活動、購買辦公用品等形式報銷實質上屬于員工個人獎金收入，以逃避繳納個人所得稅。3、用工復雜，人員流動性大，崗位設置靈活，聘用員工人數很難準確核實的企業利用虛構員工人數，一人用兩人名，或者更多，用于發放補貼、兌現和年終獎等，達到少代扣代繳個人所得稅的目的。