小鼠腸子要盥洗。小鼠腸道類器官可使用IntestiCult?類器官生長培養基（小鼠）（產品號#06005）進行構建并維持長期培養。在整個過程中，在操作腸段或者隱窩之前，應預先將移液管和移液頭濕潤，預防組織粘連到移液管壁上。為對細胞的破壞降至最低并確保最大限度地回收細胞，在室溫條件下使用IntestiCult?類器官生長培養基（小鼠）培養基和溫和細胞解離試劑（GCDR），用于清潔和洗滌過程的PBS和DMEM/F12則需保持冰冷。在處理腸道的過程中，應先清除腸系膜（連接腸道與腹壁的膜），然后才切割小腸。如果腸系膜未預先去除，在隨后的洗滌步驟中腸段則難以沉降。將腸道切割為2mm的小段之后，為確保腸段干凈，需要在PBS中沖洗15至20次。如果沖洗次數少于15次，則皺襞部分可能會殘留一些有毒物質，對類器官的生長產生不利影響。在沖洗過程中需通過重力實現腸段的沉降。若使用離心分離可能會導致其他雜質沉淀，而導致隱窩收獲率降低。