草銨膦和草甘膦是兩種常用的除草劑，在作用機理、內吸性、死草時間、除草范圍和安全性等方面存在顯著差異。草甘膦是一種甘氨酸類除草劑，其作用機理是抑制烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，從而阻止蛋白質合成。草銨膦則是膦酸類除草劑，其作用機理是通過抑制谷氨酰胺合成酶，導致植物體內氮代謝紊亂，銨過量積累，葉綠體解體，從而抑制光合作用，最終導致雜草死亡。草甘膦具有內吸傳導性，能夠通過莖葉傳導到地下部，對深根雜草的地下組織有較強的破壞力。草銨膦則是半內吸或內吸很弱的觸殺型除草劑，主要通過接觸作用殺死雜草。草甘膦通常需要7至10天才能見效。草銨膦則在3至5天內即可看到死草效果。草甘膦對160多種雜草有防除作用，包括單子葉和雙子葉、一年生和多年生、草本和灌木等植物。對于一些惡性雜草如牛筋草、小飛蓬等，其效果不佳。草銨膦則是廣譜除草劑，幾乎可以用于所有作物的除草，尤其對那些耐受草甘膦的惡性雜草有很好的效果。草甘膦是一種滅生性除草劑，對作物根系有一定影響，不適宜在淺根系或根系暴露在外的作物上使用，且在土壤中的殘留和代謝時間較長。草銨膦在根系幾乎沒有吸收傳導作用，對土壤、作物根系和后茬作物的影響極小，且在土壤中的代謝速度較快，半衰期小于10天。