拉帝亞斯石/拉迪歐斯石-得到5個徽章后觸發劇情和大吾前往南方小島自動獲得（無需戰斗），同時得到mega環，開始可以使用mega進化功能（根據版本）　　拉迪歐斯石/拉帝亞斯石-跟老媽對話后獲得（根據版本）　　迪安西石-把迪安西放在首位進入任意精靈中心觸發劇情獲得　　蜥蜴王石/火雞石/巨沼怪石-120號道路吊橋上和大吾對話觸發變隱龍劇情后，大吾將偵測望遠鏡送給了主角，并根據主角選擇的御三家贈送給主角相應的Mega石　　勾魂眼石-琉璃市覺醒祠堂右邊　　噴火駝石-DELTA章劇情贈送（另一版本為巨牙鯊石？）　　巨牙鯊石-戰斗邊疆前劇情贈送（另一版本為噴火駝石？）　　大鋼蛇石-某山洞里　　巨金怪石-初回配信/二周目挑戰聯盟打敗大吾后獲得　　暴蠑螈石-DELTA章后到流星瀑布下與NPC對話獲得　　裂空座Mega進化無需石頭，只需學會獨門即可，忘掉獨門后無法Mega進化　　塔布奈石-對戰邊疆救起了失憶的帥哥刑警后,在小屋再次對話后贈送　　艾路雷朵石-秋葉鎮跟索藍斯博士對話后獲得　　冰鬼護石-淺灘洞穴深處(溯退)　　大針蜂石-完成廢船劇情后可以撿取　　呆河馬石-淺灘洞穴中替老人收集好材料后贈送　　其余兩個御三家石-114路蹲坐的老人，向他買剩下的兩顆御三家石頭，兩顆石均以1500元發售　　比雕石-在綠蔭鎮幫小女孩找尋蘑蘑菇后得到奇妙石，再到得文公司跟社長對話后獲得　　長耳兔石-紫堇市二樓住宅居幫助西裝男后再次對話后獲得　　七夕青鳥石-帶上七夕青鳥到水靜市找某男子,給他看七夕青鳥后獲得