申請注冊條件不同，辦理地點不同，有效期不同，提交材料不同。1、申請注冊條件不同：報關企業具備境內企業法人資格條件；法定代表人無走私記錄；無因走私違法行為被海關撤銷注冊登記許可記錄；有符合從事報關服務所必需的固定經營場所和設施；海關監管所需要的其他條件。進出口貨物收發貨人是依法直接進口或者出口貨物的中華人民共和國關境內的法人、其他組織或者個人。2、辦理地點不同：報關企業：所在地直屬海關或者其授權的隸屬海關。進出口貨物收發貨人：所在地海關。3、有效期不同：報關企業注冊登記許可期限為2年。進出口貨物收發貨人《中華人民共和國海關報關單位注冊登記證書》長期有效。4、提交材料不同：報關企業：《報關單位情況登記表》；企業法人營業執照副本復印件以及組織機構代碼證書副本(原件及復印件)；(已使用法人和其他組織統一社會信用代碼營業執照申請的企業不需要提交組織機構代碼證書)報關服務營業場所所有權證明或者使用權證明(原件及復印件)；其他與申請注冊登記許可相關的材料。進出口貨物收發貨人：《報關單位情況登記表》；營業執照副本以及組織機構代碼證書副本(原件及復印件)；(已使用法人和其他組織統一社會信用代碼營業執照申請的企業不需要提交組織機構代碼證書)對外貿易經營者備案登記表或者外商投資企業(臺港澳僑投資企業)批準證書(原件及復印件)；其他與注冊登記有關的文件材料。