在耶拿戰(zhàn)役之后，拿破侖自信滿滿，靜候佳音。不久，第三軍的騎兵上尉向他報告喜訊，稱達烏第將軍的部隊在奧爾施泰特擊敗了普軍主力，并繳獲了大量的機密文件，正在送往耶拿的途中。對于這一消息，拿破侖起初表示懷疑，他不明白為何會有兩個普軍主力。在耶拿戰(zhàn)役之前，達烏第的第三軍在前往戰(zhàn)場的路上遭遇了普軍左翼集團的先頭部隊，并刺殺了費迪南大公。此時，第三軍已成為法軍北端的先鋒。拿破侖下令其向北進發(fā)，貝爾納多特緊隨其后，兩軍尋找機會向西迂回，以切斷北撤普軍后路。普王決定北撤，命令霍思洛厄軍團在耶拿地區(qū)為中央軍團掩護，中路軍團則經(jīng)奧爾施泰特、哈森豪森和弗萊堡向北撤退。1806年10月13日，普軍主力到達奧爾施泰特。此時，普軍中央軍團共有5萬人，火炮230門。奧爾施泰特位于耶拿西北，是一個交通樞紐，便于普軍的進退。10月13日，法軍第一軍和第三軍到達瑙姆堡。達烏第和貝爾納多特對進軍路線產生了分歧。此時，兩軍已處在戰(zhàn)場最北端，未發(fā)現(xiàn)普軍，按拿破侖的命令，兩軍應向西、南繼續(xù)搜索。10月14日凌晨，拿破侖命令達烏第率軍向耶拿和魏瑪中間的集結地前進，并告訴達烏第，如果貝爾納多特與他同行，讓他一起行動。達烏第向貝爾納多特傳達命令時表示，兩軍可以由貝爾納多特統(tǒng)一指揮。貝爾納多特對于只給達烏第命令而未告知自己感到不滿，因此仍按原計劃進軍。達烏第無奈，獨自行動，正巧普軍主力在奧爾施泰特。10月14日，普王得知北上道路被切斷，命令布呂歇爾組織全部騎兵發(fā)起沖鋒，并安排一個步兵師配合。布呂歇爾急于求功，未等騎兵陣地準備完畢即沖鋒，遭到法軍排槍和炮擊，損失慘重，連續(xù)四次沖擊法軍方陣未果。普王見局勢惡化，命令總指揮布倫瑞克親臨前線，并斥責步兵師師長施梅陶，讓他隨軍沖鋒。普軍集中兩個步兵師和一部分騎兵合力攻擊法軍左翼，但古丁師開始堅持不住，達烏第雖派上預備隊，但仍無法阻擋普軍的猛烈攻勢。眼看法軍即將潰敗，普軍師長施梅陶被擊中，普軍失去主心骨，布倫瑞克也沖入戰(zhàn)場，但很快被擊倒。普王決定親自指揮，結果普軍敗局已定。普王命令繼續(xù)猛攻法軍左翼，增加一個師加入攻擊。在左翼法軍崩潰前，達烏第投入最后預備隊，莫南德師再次擊退普軍進攻。中午，普軍在步兵配合下發(fā)起最后沖鋒，普軍步兵身著藍色軍服，奏樂前進，騎兵沖擊法軍側翼。法軍抵死不退，達烏第在前線督陣，高呼“帝國榮譽，系于爾身，絕不后退一步”。普軍再次被擊退。普軍后方有兩支預備隊，布呂歇爾、沙恩霍斯特力建議投入戰(zhàn)場，但普王認為是保護者，未投入。普軍后撤，達烏第命令法軍反沖鋒，向普軍兩翼包抄。法軍躍出戰(zhàn)壕，向普軍沖去。普軍猝不及防，全線后撤，撤向魏瑪。普軍守軍紛紛投降，法軍死傷慘重，左翼古丁師減員接近一半，無力深追。拿破侖得知詳情后嘉獎達烏第，斥責不服從命令的貝爾納多特。1806年10月15日，拿破侖率領法軍攻入普魯士本土，向西北掃蕩，沿途普軍守軍投降。10月27日，法軍攻入柏林，拿破侖率領法軍進入，身后是達烏第、貝爾蒂埃和奧熱羅三個元帥，道路兩旁是法軍士兵和圍觀的德國民眾。拿破侖在一年內攻陷維也納和柏林，擊垮中歐最強大的兩個國家，大半個德意志在他的統(tǒng)治之下。他征服北意大利、南意大利，法蘭克帝國的三兄弟（法蘭西、德意志、意大利）全部在他統(tǒng)治之下，疆域遠超當年。11月7日，布呂歇爾投降，法軍俘虜超過10萬普魯士士兵，繳獲上千門火炮、2萬匹戰(zhàn)馬、10萬支步槍和大量軍用物資。普魯士、薩克森的軍事力量被摧毀。普王威廉三世逃至柯尼斯堡，尋求議和。拿破侖開出了苛刻的議和條件，普王不得不接受。普王召集內閣討論合約，大部分成員反對，特別是賠款。威廉三世只好向沙俄求援。沙皇亞歷山大計劃出兵，由本尼格森率領55000人駐扎在華沙北部30公里，布克斯霍夫頓率領37000人從后方增援。拿破侖繼續(xù)進軍，組建第9軍給弟弟熱羅姆鍍金，讓其指揮德意志人打德意志人，以增加軍功。熱羅姆掃蕩西里西亞，征服至此，普魯士只剩東普魯士。拿破侖勒索普魯士，規(guī)定城市繳納戰(zhàn)爭稅額，派發(fā)物資供應配給，甚至組建六個性病醫(yī)院，但無法遏制法軍性病減員。威廉三世下令懲罰投降守將，集結殘余部隊，組建15000人軍團，交給萊斯托克將軍指揮。普魯士幾乎被抹去，拿破侖開始著眼下一個對手沙俄。他選擇波蘭復國，以約瑟夫·波尼利托夫斯基親王為國王，對法國無比忠誠。法軍進入普屬波蘭，達烏第第三軍占領波森。法軍受到波蘭民眾熱烈歡迎，拿破侖如同波蘭的救世主。繆拉率騎兵軍攻入華沙，法軍兵分三路渡過維斯瓦河，向俄軍發(fā)起全面進攻。