當用人單位拖欠勞動者工資三年，勞動者手中持有欠條，但勞動爭議仲裁委員會因已過兩年的仲裁時效而不受理，此時勞動者應依法向用人單位所在地的人民法院提起民事訴訟。依據《勞動爭議調解仲裁法》第二十七條的規定，勞動爭議的仲裁時效為一年，從當事人知曉其權利受損之日起計算。若在仲裁期間內，勞動者向對方主張權利、請求相關部門救濟或對方同意履行義務，則仲裁時效將重新開始計算。此外，如果勞動者因不可抗力或其他正當理由未能在規定時間內申請仲裁，仲裁時效將中止，待阻礙消除后繼續計算。值得注意的是，在勞動關系持續期間，因拖欠勞動報酬引起的爭議不受一年仲裁時效的限制，但一旦勞動關系終止，勞動者需在勞動關系終止后的六個月內提出仲裁申請。實踐中，勞動者在提起民事訴訟時，應準備充分的證據材料，包括欠條、勞動合同、工資條等相關文件，以證明自己的權益受損情況。同時，勞動者可以尋求法律援助，咨詢專業律師的意見，以便更好地維護自己的合法權益。在處理此類問題時，勞動者還需關注訴訟程序，了解立案、舉證、開庭等環節的具體要求，確保訴訟過程的順利進行。同時，勞動者也需注意保護自身隱私，避免泄露個人信息和敏感信息。在法院審理過程中，勞動者應積極參加庭審，充分陳述自己的訴求和事實依據，并準備好答辯意見。如果需要，勞動者可以申請證人出庭作證，進一步增強自己的訴訟地位。在判決結果出來后，勞動者需及時了解判決內容，并根據判決結果采取相應行動。總之，在面對用人單位拖欠工資的情況時，勞動者應依法維權，通過合法途徑維護自己的權益。在訴訟過程中，勞動者需保持耐心和冷靜，積極應對，以期獲得公正的判決結果。