單核吞噬細胞系統(mononeuclear phagocyte system)，又稱為單核巨噬細胞系統，是高等動物體內具有強烈吞噬能力的巨噬細胞及其前身細胞所組成的一個細胞系統，是機體防御結構的重要組成部分。這個系統主要包括骨髓中的定向干細胞、原單核細胞、幼單核細胞，血液內的單核細胞和多種器官中的巨噬細胞。后者涵蓋結締組織的巨噬細胞，肝臟的Kupffer細胞，肺部的塵細胞，淋巴結和脾臟的巨噬細胞，胸膜腔和腹膜的巨噬細胞，神經組織中的小膠質細胞以及骨組織的破骨細胞等。它們的共同特點包括來源于血中的單核細胞，細胞核為單個，細胞膜表面具有抗體和補體的受體，以及擁有活躍的吞噬作用等。單核吞噬細胞系統在免疫應答中發揮著重要作用。巨噬細胞不僅能夠吞噬和清除異物和衰老死亡的細胞，還能捕獲和處理抗原。在免疫應答的起始階段，巨噬細胞能捕獲和處理抗原，保留最具特征性的分子基因(抗原決定基)，并與巨噬細胞自身的MHC-II類分子結合，形成抗原肽-MHC分子復合物，將抗原肽呈遞給T細胞，從而促進免疫應答。因此，巨噬細胞被稱為抗原呈遞細胞(antigen presenting cell, APC)。在免疫應答的效應階段，巨噬細胞會聚集于病灶周圍，成為破壞靶細胞和吞噬細菌的重要成分。此外，單核吞噬細胞系統還能夠分泌多種生物活性物質，如溶菌酶、補體、腫瘤生長抑制因子等。