根據相關法律規定，未滿十八周歲的未成年人在法律上是不予留有案底的。這是一項旨在保護未成年人權益的重要法律原則。因此，如果同事的弟弟在十二歲時在超市被懷疑做錯事，他不會因此留下案底。同時，按照超市的規定及法律，超市沒有權利進行行政處罰。這意味著超市無法對未成年人進行任何形式的法律處罰。根據行業規定，超市不得對未成年人進行強制留指紋、搜查等行為，只能采取勸解和教育的方式處理。值得注意的是，保護未成年人的合法權益是法律和社會共同的責任。如果在超市遇到類似情況，應當尋求警方或相關管理部門的幫助，確保未成年人得到妥善處理和保護。在此情況下，家長和監護人應當更加關注未成年人的行為，教導他們遵守社會規則和法律，同時也應當學會正確維護他們的權益。總之，對于十二歲的孩子，法律和社會會給予更多的保護和寬容，不會因為一次小事件而留下案底。家長和監護人應當以此為教育契機，引導孩子樹立正確的價值觀和行為準則。超市方面也應遵循法律規定，采取合理的措施，避免對未成年人進行不必要的干預。通過這樣的方式，共同營造一個更加安全、和諧的社會環境。