注冊公司的進出口權申請流程如下：首先，在網上填寫《企業申請進出口經營資格登記表》，完成網上申請確認并提交后，需打印該表并在申請表上蓋章簽字。其次，根據網上提示的材料清單，復印并準備全套申報材料，遞交申請。當企業提交的電子申請和書面材料齊備無誤后，相關部門將在5個工作日內作出核準、登記與否的決定。如審核通過，將發放《中華人民共和國進出口企業資格證書》；若未通過，則會向申請企業說明理由。對于擬籌建新外貿企業的情況，提交申請材料后5個工作日內可領取我委同意賦權的函件，憑此函件到工商管理部門辦理企業注冊登記等各項手續。全部工商注冊登記完成后，需按照已經成立企業的材料要求，在網上填報《上海市企業進出口經營資格申請表》，并補齊申請材料，向我委申領進出口企業資格證書。企業憑《中華人民共和國進出口企業資格證書》到工商、海關、質檢、外匯、稅務等管理部門辦理開展進出口業務所需的有關手續。企業在向各部門辦理完成全部登記手續后，應填寫《企業信息反饋表》，將有關數據反饋給相關部門。相關部門將企業數據通過網絡報送商務部備案。申請出口核銷登記時，需提供以下資料：單位介紹信、申請書、外經貿部門批準進出口業務批件原件或外商投資企業批準證書原件及復印件（蓋公章）、工商執照正、副本（蓋公章）、代碼證原件及復印件（蓋公章）、海關自理報關單位注冊登記證書原件及復印件（蓋公章）、單位公章。完成進出口權申請后，企業將獲得以下材料：備案登記表、進出口注冊證書、核銷單和名錄卡、電子口岸操作卡和法人卡、讀卡器。