冶金等工貿企業申請機械三級安全生產標準化企業，需要準備以下文件清單：1. 營業執照2. 項目立項文件及審批手續3. 主要負責人和安全管理人員的安全培訓證書4. 特種作業人員的培訓證書5. 防雷和防靜電檢測報告6. 消防驗收意見書7. 初步設計及安全專篇8. 安全設施設計審查表9. 安全設施竣工驗收表10. 安全驗收評價報告11. 安全生產事故應急救援預案（包括綜合預案、專項應急預案和處置預案）12. 應急救援預案備案文件13. 安全生產標準化自評報告14. 安全生產標準化制度匯編（包括各類安全生產目標管理制度、安全機構設置與人員任命管理制度、安全生產責任制管理制度等）15. 安全生產標準化內部紅頭文件匯編（包括安全生產目標發布紅頭文件、安全生產責任制發布紅頭文件等）16. 安全生產標準化記錄表格匯編及相應記錄（包括安全生產目標與指標分解表、安全生產責任制評審更新記錄等）17. 安全生產規章制度及安全操作規程匯編（包括企業法人（主要負責人）安全生產責任制、安全副廠長安全生產責任制等）以上是申請機械三級安全生產標準化企業所需的主要文件，企業在準備過程中應確保文件的真實性、完整性和規范性。