火影忍者究極風暴1的玩法豐富多彩。玩家可以通過E鍵發動替身術，I鍵進行防守，WASD鍵或十字鍵實現移動，十字鍵使用道具，O鍵釋放查克拉，按住O鍵可儲存查克拉，點擊兩次O鍵則可以爆發查克拉，使用終極忍術。K鍵投擲手里劍，=鍵進行攻擊或互動，L鍵跳躍，點擊兩次L鍵可飛向鎖定目標，但速度較慢。Q鍵、P鍵使用隊友援護或翻頁，G鍵鎖定或取消鎖定攻擊目標。玩家還可以掌握多種基礎出招列表。環繞場邊不斷移動可通過A鍵+A鍵+左推、右推左搖桿實現，飛向對手則只需A鍵+A鍵。普通攻擊為B鍵，而B鍵+B鍵+B鍵+B鍵構成普通連招1，B鍵+B鍵+十字鍵↑+B鍵+B鍵為普通連招2，B鍵+B鍵+十字鍵↓+B鍵+B鍵為普通連招3。浮空攻擊1為A鍵+B鍵+B鍵+B鍵+B鍵，浮空攻擊2為A鍵+B鍵+B鍵+十字鍵↑+B鍵+B鍵，浮空攻擊3為A鍵+B鍵+B鍵+十字鍵↓+B鍵+B鍵。此外，玩家還能夠運用替身之術，當對手攻擊時，使用LT鍵、RT鍵；抱摔技，當對手未攻擊時，使用LT鍵、RT鍵；破防技，當對手格擋時，使用LT鍵、RT鍵+B鍵；查克拉溢出可通過Y鍵實現；查克拉瞬身術則為Y鍵+A鍵；查克拉普通忍術為Y鍵+B鍵；查克拉終極忍術為Y鍵+Y鍵+B鍵；查克拉連攜忍術為Y鍵+Y鍵+Y鍵+B鍵；查克拉爆發(覺醒)則在人物血量降至覺醒界限后按住Y鍵直至查克拉槽蓄滿，繼續維持查克拉蓄積2秒后即可進入覺醒狀態。