在《口袋妖怪漆黑的魅影》中，捕捉神獸和傳說中的龍精靈是一項充滿挑戰(zhàn)的任務(wù)。急凍鳥位于114號道路瀑布上面的洞穴內(nèi)；而閃電鳥則隱藏在流星瀑布的最深處。火焰鳥的棲息地是冠軍之路。超夢則需要玩家先去石之洞窟推石進入的洞里，與NPC對話選擇“否”以獲得破壞基因，之后前往120號道路的沉寂之窟。夢幻則需要玩家先從超夢身上取得古代海圖，完成通關(guān)后坐船前往；雷公則位于新紫堇；炎帝棲息在炎之秘道；水君則潛藏于彩幽市瀑布洞；洛奇亞需要在完成三鳥捕捉后前往116號道路瀑布上的洞穴；鳳王則需在完成三獸捕捉后前往同一位置。雪拉比則在通關(guān)后，于橙華森林湖中心的森林中出現(xiàn)，擊敗坂木后即可捕捉；雷吉洛克激活海底遺跡后在111號道路沙漠地下的洞穴內(nèi)等待玩家；雷吉艾斯則在激活海底遺跡后105號道路的洞穴中現(xiàn)身；雷吉斯奇魯同樣在激活海底遺跡后120號道路的洞穴中等待。海皇牙、古拉頓和裂空座與原版相同，通關(guān)后分別在天氣研究所和天空之柱出現(xiàn)。拉迪亞斯、拉帝歐斯則是全地圖隨機出現(xiàn)，玩家在水靜市水手處獲得海圖后可坐船捕捉；基拉祈則在綠嶺市的白色巖石中等待；迪奧西斯則在夢世界聯(lián)盟獲得冠軍后，獲得船票前往捕捉。席多藍(lán)恩在夢世界往下沖浪到達(dá)紅蓮之窟；雷吉奇卡斯則在捕捉完雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯后出現(xiàn)在海底遺跡；迪亞魯卡在發(fā)生赤日劇情后可于淺灘洞窟捕捉，無論退潮與否均可到達(dá)，但路線不同。帕魯奇亞同樣在發(fā)生赤日劇情后于流星瀑布出現(xiàn)；基拉帝納在捕捉到超夢后前往送神火山塔內(nèi)頂樓，調(diào)查墓碑到達(dá)反轉(zhuǎn)世界后遇到；克蕾塞莉婭通關(guān)后在水靜市旅館獲得羽毛后前往古辰鎮(zhèn)睡覺；達(dá)克萊伊則在橙華森林洋屋獲得羽毛，通關(guān)后在水靜市睡覺，捕捉后進入赤日劇情，擊敗赤日后開啟迪亞魯卡和帕魯奇亞的捕獲地點。瑪娜菲則位于琉璃島水底，一直往上游至盡頭，浮出到達(dá)深海之殿，擊敗水梧桐后捕獲；賽伊米在捕獲基拉帝納后的輪回鎮(zhèn)一青年處獲得冥界之花，再與綠蔭鎮(zhèn)一女人對話，最后前往117號道路的花之海里捕捉。阿爾宙斯則在捕獲迪亞魯卡、帕魯奇亞和基拉帝納后在覺醒神殿中覺醒；維庫提尼在通關(guān)后于煙突山纜車屋后洞口出現(xiàn)，擊敗赤焰松后即可捕捉；烈希拉姆和捷克羅姆則在夢世界往下沖浪最遠(yuǎn)處的幻龍之塔左邊和右邊的塔頂出現(xiàn)；丘雷姆則在抓完雷希拉姆和捷克羅姆后，在幻龍之塔中間的塔頂出現(xiàn)，擊敗蓋奇斯后捕獲。凱爾迪奧在夢世界夢之城一直往右邊走的諒解之路盡頭出現(xiàn)；蓋諾塞克特則在反轉(zhuǎn)世界斷罪之間等待玩家。