新《還珠格格》的劇情描述了以下幾個主要故事線：1. 小燕子和紫薇的相識與身份交換：小燕子，一個活潑自由的街頭女孩，與才藝出眾的紫薇格格在北京相遇。命運的安排下，小燕子誤打誤撞地進入皇宮，成為了“還珠格格”，而紫薇則進入學士府，兩人身份互換。2. 小燕子與永琪、班杰明的趣事：小燕子在皇宮中與永琪和班杰明發生的種種誤會和趣事。班杰明與永琪情同手足，但都對小燕子有著不同的情感。3. 紫薇與爾康的愛情：紫薇被爾康的深情所吸引，兩人相知相許。爾康帶領紫薇進入他們的秘密基地，并在多個自然景觀中見證了他們的愛情誓言。4. 小燕子與宮中生活的適應：小燕子與紫薇從街頭賣藝女子變成皇宮格格，面對宮廷生活的不適應，引發了一系列笑話和誤會。5. 皇后的敵意與小燕子的應對：小燕子與皇后結下梁子，但她的坦率純真讓永琪和班杰明經常為她解圍。6. 爾康揭秘紫薇身份：爾康知道紫薇的真實身份，幫助她與父親相認，并愛上了她。7. 小燕子制造的驚喜與驚嚇：小燕子學習到“驚喜”一詞的意義，開始為周圍的人制造驚喜，但有時也會變成驚嚇。8. 皇上的認可與柳青柳紅的加入：皇上對小燕子的喜愛日益加深，甚至破例讓柳青柳紅進入皇宮，為小燕子和紫薇帶來驚喜。9. 愉妃與小燕子的關系：愉妃，永琪的母親，對小燕子進入她的家庭感到高興，但小燕子的坦率有時也會讓她感到困擾。10. 小燕子與漱芳齋的人際關系：小燕子與漱芳齋中的宮女太監建立起深厚的感情，一起經歷了許多歡笑與淚水。11. 塞婭與爾泰的愛情：塞婭公主看上了爾康，但為了紫薇的幸福，小燕子透露了紫薇的真實身份，導致紫薇和小燕子入獄。12. 逃亡與浪跡天涯：為了逃避皇上的憤怒，小燕子、紫薇和其他主角開始了逃亡生活，最終浪跡天涯。新版《還珠格格》在劇情上進行了調整，加入了新的人物和情節，使得故事更加豐富和復雜。