1. 故事的開端是日本富豪烏丸蓮耶的神秘犯罪組織，他們研發出傳說中的永生藥劑APTX-4869，試圖通過各種手段掌控世界金融界的脈絡。2. 東京鈴木、京都大岡、羽田等四大家族與該組織有著緊密的聯系。十七年前，組織的計劃因阿曼達的意外身亡而陷入混亂，黑田兵衛和赤井務武的調查也隨之展開。3. 在這場混亂中，羽田康晴收養了赤井家的孤兒秀吉，組織的科學家被謀殺，志保和明美被迫留在組織中。黑衣組織的頭目貝爾摩德，以莎郎·溫亞德的身份，與藤峰有希子結為好友。4. 有希子在那時產下了工藤新一，而毛利小五郎成為警察，與妃英理結婚，他們的女兒小蘭也因此卷入了這場命運的交織。5. 秀吉成長成為日本將棋界的明日之星，而新一則以高中生偵探的身份出現，因誤服APTX-4869，化名柯南，揭開了新的篇章。6. 宮野志保（雪莉）揭露了他的真實身份，灰原哀與他一同步入校園。莎朗·溫亞德調查柯南的身世，FBI緊隨其后。7. 貝爾摩德發現了柯南和灰原的真實身份，但在茱蒂和赤井秀一的幫助下逃過一劫。水無憐奈的鞋底竊聽器暴露了組織暗殺土門康輝的企圖。8. 在這場較量中，FBI和柯南聯手阻止了行動，水無憐奈在車禍中受傷，被轉入醫院保護。她的真實身份被發現，原來她是CIA的臥底。9. 赤井秀一以沖矢昴的身份回歸，策劃了一系列的計謀。在倫敦，赤井的家人揭穿了貝爾摩德的偽裝，小蘭等人卷入網球女王爆炸案。10. 波本，即安室透，深入組織內部調查，與赤井秀一在列車上斗智斗勇。他們各自隱藏身份，策劃假死行動。11. 波本揭露了秀一未死的秘密，而秀一也識破了波本的真實身份。水無憐奈向FBI透露了朗姆行動的關鍵信息。12. 柯南在羽田案件中發現了組織的真正BOSS烏丸蓮耶。小蘭與新一的關系逐漸明朗，朗姆則命令波本搜集新一的詳細資料。13. 在緊張的追捕與保護中，柯南逐漸恢復了工藤新一的身份，參與了修學旅行。朗姆對FBI展開追殺，柯南和秀一聯手救下卡邁爾。14. 瑪麗的身體縮小，世良真純發現了秀一的真正身份，但恢復藥的爭奪并未成功。朗姆追殺若狹留美，灰原哀的秘密也因此暴露。15. 柯南了解到伊織無我是前公安，而黑田兵衛揭示了羽田浩司案件的真相。降谷零受命調查柯南，新一、有希子、優作和赤井秀一在了解組織BOSS和淺香的真實身份上步步推進。16. 貝爾摩德隱藏新一未死的事實，朗姆酒的追殺范圍擴大到淺香和工藤、毛利家族。FBI和公安與組織展開激烈的對抗，同時與柯南形成聯盟。17. 水無憐奈作為情報提供者，但柯南的真實身份仍是各方關注的焦點：MI6知道他是新一，瑪麗試圖奪取解藥；赤井秀一、羽田康晴和降谷零則被卷入了前首相大岡的秘密陰謀。18. 在復雜的線索中，柯南被朗姆和大岡首相調查，而他自己對朗姆的真實身份一無所知。