反轉世界確實與普通的口袋妖怪世界截然不同，這里沒有野生精靈，但充滿了奇異的地形和動態的路線。玩家需要學會靈活移動，比如橫著走、豎著走、倒著走，甚至在不同板塊間跳躍穿梭。這里還有許多看似有路的地方，但走近了卻不見蹤跡；而有的地方走近了卻突然出現道路。更神奇的是，原本擋路的障礙物走近了卻突然消失，而原本有路的地方走進了卻有障礙物擋路。在游戲中，希羅娜一直引導著玩家，而赤木則繼續著他的“神話”之路。玩家需要經過一段復雜的路徑，不斷上下左右移動，最終到達一個有石頭可以推的位置。當玩家走近時，守護的神靈會顯現，指示玩家將石頭推下去。兩個石頭很容易就能完成任務，然后玩家需要繞著邊走，從左邊走到右邊，倒著走到一個水流逆著的方向，沖浪然后逆水滑下就能到達第三個石頭的位置。將這三個石頭都推下去后，玩家需要乘坐中間的升降石板下到底層，然后將三塊石頭推到每個守護神所在的坑里。接下來，玩家需要回到希羅娜處并和她談話。最終，石板會出現，玩家踏上石板再下一層，追上赤木，他依然毫不后悔，幻想著自己的“神話”。最后，赤木使出他最強的精靈進行戰斗，包括lv45黑魯加、lv46暴鯉龍、lv46叉字蝠、lv47暗鴉王、lv48瑪狃拉。經過戰斗，赤木終于意識到自己的錯誤，抱憾而終。希羅娜為主角的精靈恢復體力，但憤怒的鬼龍仍未平靜，要求主角去安撫。建議玩家在此時存檔，如果想收服鬼龍的，更應該謹慎行事。玩家需要向前走，三塊石板出現，踏到最后一塊時，鬼龍的黑影落下，慢慢現出原始的樣子。玩家調查后，便進入戰斗。戰斗結束后，原先鬼龍的位置出現一個光球，希羅娜告知鬼龍的問題已經解決，現在調查光球，返回現實世界。離開光球后，主角和希羅娜來到214道路邊的隱藏山泉之路。他們都很高興能回到現實世界，希羅娜讓主角快回研究所去把這事情報告給博士。在研究所中，博士得知事情已經解決，非常高興，還讓主角去挑戰聯盟看看實力是否足夠。