根據稅法規定，企業在計算員工出差期間的補助時，如果超出標準部分需要按照工資薪金所得合并計征個人所得稅。具體標準如下：在深圳、珠海、汕頭、海南，補助標準為每天30元；在大連、秦皇島、天津、煙臺、青島、連云港、南通、上海、寧波、溫州、福州、廣州、湛江、北海，補助標準同樣為每天30元；在其他城市，補助標準為每天20元。若員工出差補助未超過上述標準，則無需繳納個人所得稅，只需在相關費用科目中核算即可。通常情況下，企業會按照30元的標準進行扣除作為費用，若有超過部分則需計算繳納個人所得稅。以云南地州為例，公司規定出差補貼每人每天50元，這已經超過了上述標準。因此，超過部分需要合并到員工當月的工資中，按照個人所得稅法進行征稅。例如，如果一名員工出差3天，那么補貼總額為150元，其中120元（3天*40元）屬于免稅部分，30元（3天*10元）則需按照工資薪金所得合并計稅。需要注意的是，企業在進行差旅費用核算時，應當嚴格遵守稅法規定，確保合規操作。對于超出標準的差旅費用，企業需要在工資表中進行相應調整，以確保稅法規定的扣除標準得到準確執行。此外，員工在申報個人所得稅時，也應當將超出標準的部分計入應納稅所得額，以確保稅務合規。