微生物培養基的種類繁多，主要根據成分、物理狀態、使用目的及微生物種類進行分類。按成分分類，培養基可以分為合成培養基、天然培養基和半合成培養基。合成培養基完全由已知化學物質組成，成分明確，但成本較高，微生物生長速度較慢。天然培養基則來源于天然物質，如蒸熟的馬鈴薯和普通牛肉湯，其成分復雜，營養豐富。半合成培養基則是在天然有機物基礎上添加已知成分的無機鹽，或在合成培養基中加入天然成分，以滿足微生物對營養物質的需求。按物理狀態分類，培養基可分為固體、液體和半固體三類。固體培養基加入瓊脂、明膠、硅膠等凝固劑，常用于微生物分離、鑒定、計數和菌種保存等。液體培養基無凝固劑，成分均勻，微生物能充分接觸養料，適合生理研究和發酵工業。半固體培養基在液體培養基中加入少量凝固劑，可用于觀察細菌運動、鑒定菌種和測定噬菌體效價。按微生物種類分類，培養基可分為細菌、放線菌、酵母菌和霉菌培養基。常用的細菌培養基有營養肉湯和營養瓊脂培養基；放線菌培養基為高氏1號培養基；酵母菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基和麥芽汁培養基；霉菌培養基包括馬鈴薯蔗糖培養基、豆芽汁葡萄糖（或蔗糖）瓊脂培養基和察氏培養基。按培養基用途分類，可分為加富培養基、選擇性培養基和鑒別培養基。加富培養基加入血、血清、動植物組織提取液，用于培養苛刻微生物。選擇性培養基根據微生物的營養要求或物理、化學抗性設計，用于分離所需微生物。鑒別培養基中加入試劑或化學藥品，培養后發生特定變化，以區分不同微生物。