佛珠中菩提子是意義最大的，佛經中有手持菩提佛珠增福無量的說法。佩帶菩提子佛珠的忌諱是：在上廁所或洗澡時最好把它摘下來，夫妻同房時絕對不能佩戴它。若復有人手持此菩提珠,不能依法念誦佛名及陀羅尼,但能手持隨身,行住坐臥所出言說若善若惡,斯由此人以持菩提子故,所得功德如念諸佛誦咒無異。獲福無量！佛珠乃身外之物, 我們念佛誦經主要是內心, 不要被物所系, 被物所礙。更不要被困在手上的佛珠是什麼質料, 要多少顆數, 要如何掐捻, 要拿在左手還是右手, 放高拿還是垂下。我們持珠但求方便及自在, 也不必要強求庸人自擾的持珠方法, 如「金剛經」所說: 「凡所有相皆是虛妄, 若見諸相非相, 即見如來」,佛珠也是相之一, 所以我們使用時不要過份計較它。菩提子不止單指菩提樹種子。菩提，是梵語的譯音，是覺悟、智慧、知識、道路的意思。廣義講是斷絕世間煩惱而成就涅盤的智慧。因佛主釋迦牟尼在菩提樹下證道，菩提即為覺悟之意。所以，菩提子便也有了成就佛果之意。佛陀說：若復有人手持此菩提珠，不能依法念誦佛名及陀羅尼，但能手持隨身，行住坐臥，所出言說若善若惡，斯由此人以持菩提子故，所得功德如念諸佛、誦咒無異，獲福無量。菩提子佛珠分類眾多。而最為常見的應該是星月菩提、鳳眼菩提、龍眼菩提及金剛子菩提和白菩提根五種。星月菩提。每顆菩提子上都有一個大點和許多小點，如眾星拱月，象征著無量的宇宙。星月菩提可增慧，帶來安寧、吉祥。顯宗修煉者多帶星月菩提佛珠。鳳眼菩提。每顆菩提子上均有一鳳眼。鳳眼象征祥瑞，用鳳眼菩提制成的佛珠是密宗修煉者必不可少的法器之一。在藏傳佛教中，菩提子佛珠即指鳳眼菩提佛珠。近代對于漢地影響最大一位藏密祖師諾那活佛曾開示說：最好有一串鳳眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大。