有限責任公司股東注重“人和”，石某可以考慮先與其他股東進行協商。如果協商未果，石某可以運用以下幾種處理方式：根據《中華人民共和國公司法》的規定，董事、高級管理人員不得未經股東會、股東大會同意，利用職務便利自營或為他人經營與所任職公司同類的業務；不得擅自披露公司秘密。從上述事實來看，名山公司另外兩位股東，同時作為公司的高管人員，在未經公司股東會同意的情況下，擅自經營與名山公司同類業務，侵犯了名山公司及股東石某的合法權益。石某可以向人民法院提起訴訟，請求收回白某和王某設立深水公司所得的非法收入，并要求二人賠償名山公司損失。名山公司已經名存實亡，經營管理發生嚴重困難，繼續存續會使股東的利益受到更大的損害。根據《公司法》的規定，持有公司全部股東表決權百分之十以上的股東，可以請求人民法院解散公司。根據公司章程及設立出資比例，石某享有名山公司全部股東表決權的百分之三十，有完全的權利請求法院解散名山公司，并對公司財產進行清算。根據《公司法》的規定，股東有權查閱、復制公司章程、財務會計報告、會計賬簿等。石某可以先向公司提出查閱申請，如果公司拒絕提供查閱的，股東可以請求人民法院要求公司提供查閱。并可以依據查閱結果與名山公司另兩位股東協商決定解散公司，進行財產核算及分配。股東在公司治理中應遵循法律規范，維護自身權益的同時也要維護公司的整體利益。通過合法途徑解決爭議，有助于公司健康穩定發展。在公司運營中，股東和高管人員應當嚴格遵守相關法律法規，確保公司的合法合規經營。當出現損害公司利益的行為時，股東可以通過法律手段維護自己的權益，但同時也應注意維護公司的長遠發展。如果公司治理出現問題，導致股東利益受損，除了法律途徑外，還可以考慮引入外部專業機構進行調解。這樣可以在一定程度上避免訴訟帶來的負面影響，同時有助于公司內部矛盾的化解。在處理此類問題時，建議股東們保持冷靜，理性分析問題的本質，尋找最合適的解決方式。同時，加強公司內部治理結構的完善，建立有效的監督機制，預防類似問題的發生。總之，對于公司高管人員損害公司利益的問題，股東應積極采取措施，通過法律途徑維護自身權益，同時也要關注公司的長遠發展，共同促進公司的良性循環。